部分萎缩性胃炎是由于日常生活中的不良饮食习惯导致的，消除这些不良饮食习惯有利于胃粘膜的恢复。平常可以保持三餐正常饮食；戒烟酒；避免食用对胃有影响的药物。
对于萎缩性胃炎严重者，胃液会相对分泌减少，导致胃酸和胃蛋白酶分泌不足，影响食物消化。必需在医生的指导下使用胃蛋白酶合剂、多酶片等药物。
萎缩性胃炎的患者，胃粘膜萎缩，其抵抗力降低，容易受到其他因素的损害。平常可以采取胃粘膜的波保护治疗。常用的药物为硫糖铝、秘制剂，对于这类型的药物对肝、肾功能有严重的副作用，一定要在医生的指导下才能食用。
萎缩性胃炎中胃粘膜受到了一定程度的损害，我们可以采取促胃粘膜增殖治疗。可以在医生的指导下使用五肽胃泌素等药物。
对于萎缩性胃炎疗效不理想的患者或者检查证实有油门螺旋杆菌感染者，可以采取抗油门螺旋杆菌治疗。常用的药物阿莫西林、庆大霉素、四环素片剂、甲硝唑片、克拉霉素片剂等。
对于萎缩性胃炎基础上引起的其他不适，可以针对出现的症状，采取相应的治疗措施。例如：上腹部饱胀，可用胃复安、吗丁啉等；胃痛者可食用胃粘膜保护剂。如果对身体造成了贫血，可以口服一些铁剂或叶酸用来改善身体贫血的状况。
萎缩性胃炎一般不需要采取手术治疗，但是有些情况下必要是根君医生的专业判断会有可能需要采取手术治疗的方式。例如：伴有不典型增生者、重度不典型增生者、有癌变或增生恶变倾向者。